El campus del Flagler College se encuentra en St. Augustine, la ciudad más antigua de los Estados Unidos con población permanente. El centro histórico de esta ciudad de Florida, con más de 450 años de antigüedad, está marcado por numerosos edificios históricos, entre ellos un icónico complejo arquitectónico con torres altísimas, elaboradas tallas en piedra y una majestuosa fuente en el patio interior. Se podría pensar que se trata de una propiedad de lujo, pero en realidad es el campus de Flagler College. Durante varias décadas, el recinto albergó el Hotel Ponce de León, destinado a viajeros adinerados. Henry Flagler mandó construir el complejo a finales del siglo XIX según los planos de los arquitectos John Carrere y Thomas Hastings, en estilo renacentista español con elementos moriscos. Con el objetivo de impulsar el turismo de lujo en la costa este de Florida, reunió a algunas de las mentes más brillantes de la época y creó uno de los hoteles más innovadores y prestigiosos de su época. Cuando las necesidades de la ciudad cambiaron y el hotel cerró sus puertas en 1967, el histórico complejo de edificios encontró un nuevo uso con Flagler College. En lugar de despojar a la propiedad de su carácter, los fundadores de la universidad hicieron todo lo posible por preservar la integridad arquitectónica del edificio y, al mismo tiempo, adaptarlo a fines académicos. Se conservaron muchas de las características originales, por lo que los estudiantes del Flagler College siguen aprendiendo hoy en día en salas llenas de historia, bajo techos abovedados, mosaicos, murales, vidrieras de Tiffany y tallas.
Incluso algunas de las residencias de estudiantes se encuentran en las antiguas suites de lujo para invitados y ofrecen a sus residentes una experiencia única en el campus. Además, el campus cuenta con dos piscinas, un gimnasio, cafeterías, un teatro, lavanderías gratuitas, kayaks para alquilar y numerosas zonas comunes para disfrutar al máximo de la vida universitaria.